Kentteki ilk insan izleri kentin kuzeyindeki Akropolis tepesinde tespit edilmiştir. Burada Geç Neolitik-Erken Kalkolitik Dönem’e işaret eden mezarlar saptanmıştır. Kazı çalışmalarıyla, kentin güneye doğru yayıldığı Hellenistik Dönem ve sonrasında bile akropolisin terk edilmediği, Geç Antik Dönem ve sonrasında da yerleşim gördüğü anlaşılmıştır.

Perge’den uzak bir noktada, Hititlerin başkenti Boğazköy’de bulunmuş ve bugün Ankara Anadolu Medeniyetleri Müzesi’nde korunan tunçtan yapılmış bir tablet, çok büyük olasılıkla Perge’nin adının geçtiği en erken yazılı kaynaktır. Bu tablet, Kurunta isimli bir kral ile Hitit Kralı IV. Tuthaliya (MÖ 1265-1215) arasında geçen ve Kurunta’nın yönettiği Tarhuntaşşa ülkesinin sınırlarını içeren bir anlaşma metnidir. Metinde söz konusu bölgenin sınırı olarak “Kaştaraya nehri yakındaki Parha”dan bahsedilir. Bugün genel olarak kabul edilen görüşe göre Kaştaraya – Kestros – Aksu nehri, Parha ise Perge’dir. Bu durumda Perge’nin yaklaşık MÖ 2. Binden itibaren bilindiği ve Hititler döneminde tanınan bir yerleşme olduğu düşünülebilir. Akropoliste yürütülen kazılarda doğrudan Hitit izlerine rastlanmamıştır ancak, söz konusu döneme tarihlenen buluntular Hititlerle çağdaş bir yerleşmeye işaret etmektedir. Perge’nin yerel Anadolulu bir kökene dayanıyor olmasını ispatlayan başka veriler de vardır. Kentin adının eski Yunanca ile açıklanamıyor olması, sikkeler üzerinde yer alan kimi lejandlar ve bazı yazıt parçaları yerli Anadolu dilleri ile kaynaşmış Pamphylia lehçesindedir.

MÖ 2. Binyıl sonunda Pamphylia Bölgesi’ne önce Akhaların, MÖ 1. binyıl sonrasında ise Dorların göç ettiği ileri sürülür. Nitekim mitolojik anlatımlarda Troia Savaşı’na katılan Mopsos, Kalkhas ve Amphilokhos önderliğindeki Akhaların, Anadolu’nun batısından güneye doğru ilerledikleri, Pamphylia’dan geçerek Kilikia’ya gittikleri ve buralarda kentler kurduklarına değinilir. Perge akropolisinde yürütülen kazılarda efsanevi Akha/Myken kolonizasyonuna ilişkin doğrudan bir veri bulunamamıştır. Bununla birlikte alanda bulunan Myken keramikleri ve bunların yerel taklitleri bir yerleşime değil, bölgeler arasındaki bir ticarete işaret sayılabilir.

Henüz çok belirgin bir mimari tabaka bulunamamış olsa da, MÖ 7. yüzyıl ile birlikte Perge’nin dönemin önemli merkezleriyle bağlantısı olduğunu gösteren keramik buluntular dikkat çekicidir. Kıbrıs, Miletos ve Rhodos ile başlayan ilişkiler, MÖ 6. yüzyıl ile birlikte Atina’ya da yönelmiş, böylece eski Yunan kültürü tüm Pamphylia’da olduğu gibi Perge’de de kendini göstermeye başlamıştır. Bununla birlikte yerel halk ile göçmenlerin kaynaşarak ortak bir yaşam kurdukları ileri sürülebilir. Pamphylia bölgesi ve bölgedeki kentlerin isimlerine MÖ 5. yüzyıldan sonra daha fazla rastlanmaktadır. Klasik Dönemin önemli antik yazarlarından Herodotos, bölgenin Kroisos döneminde (MÖ 560-546) Lydia Krallığına bağlı olduğunu söyler. MÖ 540 sonrasında ise bölgede Pers hakimiyeti görülür. Klasik Dönem’e damgasını vuran Pers-Yunan savaşları sırasında Pamphylia bölgesi oldukça stratejik bir konumda kalmıştır. Bu savaşlarda Yunanlara yardım eden kentlerin verdikleri desteklerin listelendiği yıllıklarda (MÖ 425-424 sonrasında) bölgenin kentlerinin isimleri de geçmektedir. Ancak bunlar olasılıkla daimi bağışçı olmamış, veya vergilerini düzenli ödememişlerdir.

Yunan-Pers savaşlarından sonra MÖ 386’da Spartalı Antalkidas’ın Pers Kralı II. Artakserkses ile yaptığı barış anlaşmasıyla Pamphylia tekrar Perslere bırakılır. MÖ 360’daki satrap ayaklanmasına Pamphylia da katılmıştır. Makedonia Kralı Büyük İskender, doğu ile batıyı bir çatı altında birleştirme çabasıyla çıktığı uzun seferle Pamphylia’ya geldiğinde, Sillyon ve Aspendos kendisine direnmiş, ancak Side ve Perge direniş göstermemiştir. Büyük İskender MÖ 334 yılında Lykia, Pamphylia ve muhtemelen Pisidia’yı birleştirmiştir. Büyük İskender’in ölümünün ardından Pamphylia, Antigonos Monophthalmos’un Büyük Phrygia Satraplığı’na dâhil edilmiştir. MÖ 301’de İpsos Savaşı’ndan sonra Phrygia Satraplığı paylaşılmış, Pamphylia Pleistarkhos’un yönetimine geçmiştir. MÖ 281-280 yıllarında Ptolemaioslar’ın, MÖ 246-241 yıllarında ise Seleukoslar’ın bölgeye hâkim olduğu bilinmektedir. Bölgede Seleukoslar hakimiyeti, Roma ve Pergamon ordularına karşı devam eden savaşların ardından MÖ 188 yılında imzalanan Apameia Anlaşmasına kadar devam eder. Bu tarihten sonra Side’ye kadar Pamphylia toprakları önce Pergamon Krallığı’na dahil olur; ardından bütün Pamphylia Roma yönetimine geçer. MÖ 129’da Roma’nın eyalet sistemine dahil olarak “Provincia Asia” eyaletine katılır.

Pamphylia ve Perge’de Hellenistik Dönem boyunca yaşanan siyasi karmaşa ortamı yerini, MÖ 27’de Augustus’la başlayan Pax Romana (Roma Barışı) süreci ile birlikte huzurlu ve istikrarlı bir döneme bırakır. Pamphylia, Vespasianus Dönemi’nde (MS 69-79) Lykia ile birleştirilerek Provincia Lycia et Pamphylia eyaleti kurulur. Perge, Pamphylia’nın ilk neokoros unvanını da bu dönemde almıştır. Neokoros ünvanı, kentte imparator kültüne adanmış bir tapınak bulundurma yetkisine sahip olmak anlamına gelmekteydi ve bu ünvana sahip olmak kentlere büyük bir prestij ve ayrıcalık kazandırıyordu. Perge’nin de bundan sonra gelişerek büyüdüğü söylenebilir. Roma İmparatoru Hadrianus Dönemi’nden (MS 117-118) Antoninuslar Hanedanlığı sonlarına kadar (MS 192) Perge’nin anıtsal yapılar, heykeller ve yazıtlarla donatılmış görkemli bir kente dönüştüğü görülür. Bu gelişmelere en büyük katkı sağlayanlardan biri Plancia Magna isimli bir kadın yöneticidir. Ona atfedilen yazıt ve heykellerden Plancia Magna’nın Kentin İdarecisi, Artemis Rahibesi, Tanrılar Anası Rahibesi ve İmparator Kültü rahibesi olduğu ve kente birçok yapı bağışladığı anlaşılmaktadır. Plancia Magna, MS 1.- 2. yüzyıllarda Anadolu’da bir kadının gelebileceği konumu gösteren önemli bir örnektir. MS 1. yüzyıl, tüm antik çağda dikkat çekici gelişmelerin yaşandığı bir dönemdir. Hıristiyanlık dini ortaya çıkmıştır ve Perge de Hristiyanlıkla tanışır. Bu dinin ünlü savunucusu ve taraftarlarından olan Aziz Paulos ve Aziz Barnabas Perge’ye iki kere uğramış, Aziz Paulos Pisidia’ya yaptığı geziden dönüşte Perge’yi ziyaret etmiş ve vaaz vermiştir.

Pamphylia bölgesi MS 160 sonrasında senatoya bağlı bir eyalet konumuna gelmiş, kısa bir süre yeniden imparator eyaleti olarak düzenlenmiş ve MS 180’den sonra yeniden senatoya bağlanmıştır. Roma İmparatorluğu MS 3. yüzyılın ikinci yarısından itibaren iç karışıklıklara sahne olur. Pamphylia elverişli coğrafi konumu nedeniyle bu dönemde Roma ordularının Gotlara, Sasanilere ve Parthlara karşı verdikleri mücadelelerde bir geçiş bölgesi olmuştur. İmparator Tacitus Dönemi’nde (MS 275-276) Perge, imparatorun karargâhı haline gelmiş, savaş kasası buraya nakledilmiştir. MS 276’dan sonra Pamphylia, İsaurialı kabilelerin saldırılarına maruz kalmıştır. İmparator Diocletianus (MS 285-305) “Dioecesis Asiana” adlı yeni yönetim birimine Provincia Lycia et Pamphylia’yı da dâhil edilmiştir.

MS 325 yılı 1. İznik Konsili’ne Perge’den bir metropolitin katıldığı bilinmektedir. I. Constantinus Dönemi’nde (MS 307-337) Pamphylia, bağımsız bir eyalet konumundadır ve Metropolisi Perge’dir. MS 5. Yüzyıldan itibaren Side de Perge ile birlikte, onunla eşit statüye sahip bir metropolis olur. Örneğin Ephesos’ta toplanan konsillere hem Side’nin hem de Perge’nin Pamphylia adına katıldığı anlaşılmaktadır. Bununla birlikte Pamphylia valisinin Perge’de ikamet ettiği bilinmektedir. MS 6. yüzyılın ünlü azizesi Matrona Pergelidir. MS 7. yüzyılda Perge ve Sillyon’un ortak metropolitliğe sahip oldukları bilinmekle birlikte, arkeolojik açıdan Perge’nin bu tarihten sonra küçülmeye başladığı ve yavaş yavaş akropolise doğru çekildiği görülmektedir.

Bölge, hemen hemen aynı dönemlerde Arap akımlarına maruz kalmış, bu nedenle askeri bir örgütlenme sistemine girmiştir. Perge ise Bizans Dönemi’nde önemli bir piskoposluk merkezi olarak varlığını MS 10. yüzyıla kadar sürdürmüştür. Kentte bu tarihten sonra herhangi bir yapılaşma ve yerleşim görülmemektedir.